O Colégio começou administrando o Curso Ginasial, com a duração de 5 anos, reconhecido desde então. Paralelamente, havia o Curso Normal (formação de professores), com a duração de 4 anos, reconhecido apenas em 1935. Em 1936 o Normal passou a ter 3 anos de duração. O primeiro Corpo Docente foi composto por pessoas do Gymnasio Municipal de Pádua.

Os cursos a partir de 1935 eram Primário, Admissão ao Ginásio, Ginásio, Normal e Científico. As matérias eram Português, Matemática, História do Brasil, História Geral, História Natural, Física, Química, Francês, Inglês, Espanhol, Latim, Música e Educação Física. Nas aulas de Canto Orfeônico cantavam-se músicas clássicas e hinos em Português e Francês, como a Marselleise, etc.

Em 1942, a reforma que ficou conhecida como Reforma Capanema deu nova organização ao Ensino Secundário, criando o ginásio de quatro anos e os cursos clássico e científico de três anos.

Em março de 1943, foi reconhecido como Colégio pelo Governo Federal e pelo decreto 11.968 passou a chamar-se Colégio Municipal de Muqui, com os cursos Primário, Admissão, Ginasial e Colegial (Normal e Científico).

 A chamada Reforma Francisco Campos constituiu-se na primeira iniciativa de organização nacional da educação brasileira. Através de seu conjunto de decretos ficaram sistematizados diferentes graus e etapas de ensino, dentre eles, o Ensino Secundário. Nível intermediário entre o antigo primário e o ensino superior, tal grau, hoje, compreenderia a escolaridade de 5ª. série do Ensino Fundamental até 3ª. série do Ensino Médio.
       
Em 1944 foi fundado o Curso Comercial de Técnico em Contador, com Guilherme Cirillo como professor da área de Contabilidade ao lado de outros colegas.

Os alunos da primeira turma do Curso Comercial foram: Roberto Mignone, Ketty Cirillo, Risette Dutra, Adilson Soares, Francisco Gomes, Reusa Rodrigues Botelho e outros.